复旦大学上海医学院以“正谊明道”为院训，坚持“为人群服务”的办学宗旨，以立德树人为人才培养之本。坚持“三基三严”的教学传统，以严谨厚实为学术发展之根。上海医学院持续推动教育教学改革，不断加强卓越医学人才培养体系建设，致力于培养具有“国家意识、人文情怀、科学精神、专业素养、国际视野”的有温度的创新型卓越医学人才。2012年入选第一批“卓越医生教育培养计划”，承担“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”和“五年制临床医学人才培养模式改革试点”项目。
上海医学院设有本科专业10个：临床医学（八年制，本博连读）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制，全英语授课）、口腔医学、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学。
近年来，上海医学院拥有基础医学、药学两个教育部基础学科拔尖学生培养计划2.0基地；国家大学生实践基地建设项目4个；教育部首批国家临床教学培训示范中心2个；临床医学、基础医学、预防医学、药学、公共事业管理、护理学6个国家级一流本科专业建设点，并有15门课程先后获批国家级一流本科课程。上海医学院始终坚持原创性教材与国家级规划教材并重，“十三五”期间共出版本科代表性主编教材41本，其中主编国家级规划教材23本，担任人卫版和高教版规划教材主编和副主编77人，国家一级学会主委和副主委、二级学会主委324人，SCI期刊和国内核心期刊主编和副主编74人。
上海医学院教师获国家杰出教学奖1人、上海市教育功臣2人、上海市高校教学名师7人、上海市教书育人楷模2人、上海市模范教师1人、上海市育才奖25人、宝钢奖教金优秀教师特等奖2人、宝钢奖教金优秀教师奖55人，国家级教学团队4支，上海高等学校市级教学团队2支，基础医学院2019年获全国教育系统先进集体称号。
上海医学院充分发挥综合性大学办学优势，不断完善“全复旦·大医学”的本科医学人才培养体系，以学生发展为中心，提高学生自主学习能力，推进从课程体系、教学方法到评价方式全方位综合改革，探索“多学科综合、多维度融通”的体现大整合理念的课程体系。通过“一体化、二结合、三融通”，医教研管共同协力，构建全员、全过程、全方位的三全育人体系。“一体化”是贯通从教室到书院、科研与创新创业、社会实践、海外学习、网络新媒体等六个维度的一体化育人空间；“二结合”是促进人文医学和课程思政结合，第一课堂和第二课堂结合；“三融通”是通识教育与专业教育融通、人才培养与学科建设融通、知识技能与实践创新融通。立足服务“健康中国”的国家战略，培养适应新时代国家医疗卫生事业和人民健康需要的卓越医学人才。
上海医学院为培养医学生的全球化视野，加深对全球多样化的理解，接触前沿热点的医学研究，学习先进的临床知识和技能以及加强医学生全球卫生视野的培养，积极与世界知名大学建立友好关系，支持学生互换交流。目前，与境外47所院校开展了短期境外交流项目，合作院校遍布加拿大、美国、日本、新加坡、澳大利亚、英国、德国、奥地利等。
