2010年以来，上海市根据国家新一轮医改精神，率先实施与国际接轨的住院医师规范化培训制度，首创“行业内社会人”的住院医师规范化培训模式。在上海市的统一部署下，复旦大学上海医学院率先开展医学教育改革，是首批开展住院医师规范化培训的医学院校。

复旦大学上海医学院通过培养体系、教育制度、协同机制和实践教学创新，形成了中国特色的临床医学人才培养模式，在“5+3+X”创新培养我国临床医生体系建设方面取得了重大突破。2014年，我校临床医学教育综合改革项目获国家教学成果特等奖。

2017年起，复旦大学上海医学院先试先行，积极推进住院医师同质化规范化轮转培训工作，协调附属医院内科住院医师统一轮转上海市公共卫生临床中心感染科，获得了市卫生健康委的肯定和师生的广泛认可，发挥了示范作用与辐射效应。

复旦大学共有14家附属医院获批国家级住院医师规范化培训基地，附属中山医院是国家级示范基地，全科医师规范化培训项目全球首个通过世界家庭医师组织（WONCA）标准认证。我校年均招录住院医师900余名，约占全市招录的25%。十多年来，累计培训合格住院医师5500余名。

2013年起，根据上海市统一部署，复旦大学上海医学院启动专科医师规范化培训工作。目前，我校的9家附属医院是上海市专科医师规范化培训基地，共有96个专科医师规范化培训基地，累计招录专科医师2200多名。

中山医院、华山医院、儿科医院、华东医院4家附属医院是国家首批试点专科医师规范化基地，2017年至今共有16个国家级试点专科基地，累计招录专科医师200多名。

长期以来，我校努力探索毕业后医学教育的创新理念，为社会培养具有国家意识、人文情怀、专业素养和国际视野的优秀医师。